Sequenziato il genoma e il trascrittoma del pomodoro

Il genoma del pomodoro coltivato e del suo antenato selvatico, Solanum pimpinellifolium, è stato sequenziato dal Tomato Genome Consortium (TGC), un gruppo di oltre 300 scienziati provenienti da quattordici paesi (Argentina, Belgio, Cina, Francia, Germania, India, Israele, Italia, Giappone, Corea, Paesi Bassi, Regno Unito, Spagna e Stati Uniti). Questo importante risultato, che ridurrà i costi e semplificherà gli sforzi per migliorare la produzione di pomodoro, combattendo i parassiti e la siccità, è riportato come storia di copertina di questa settimana dalla rivista Nature. Il CNR ha partecipato a questo importante risultato con due suoi Istituti, l'Istituto di Tecnologie Biomediche di Segrate e l'Istituto di Genetica Vegetale, UOS Portici.

" L'Istituto di Tecnologie Biomediche del CNR ha partecipato al sequenziamento ultramassivo dei trascritti di diversi stadi di maturazione ", spiega Gianluca De Bellis, che ha guidato il gruppo composto da Clelia Peano e Fabio Fuligni, "Questo significa sostanzialmente che il nostro lavoro ha permesso l'identificazione di molti geni importanti per le caratteristiche organolettiche del pomodoro stesso, oltre che contribuito al corretto assemblaggio del genoma del pomodoro e alla identificazione delle regioni genomiche funzionalmente importanti. Il gruppo di Sequenziamento Ultramassivo dell'ITB-CNR è stato coinvolto in quanto e' il primo nucleo costituito in Italia (sin dal 2005) a utilizzare le tecnologie indispensabili a questo progetto ed è formato da tredici persone che coprono sia la parte sperimentale che bioinformatica dello sviluppo e applicazione delle tecnologie Next Generation Sequencing".

"L'Istituto di Genetica Vegetale, UOS Portici, d'altro canto ha partecipato al progetto sin dal 2003, anno in cui il TGC è stato fondato a Washington su iniziativa del Prof. Steven Tanksley della Cornell University, USA ", spiega la Dr. Silvana Grandillo. "In particolare, il gruppo del CNR-IGV di Portici ha contribuito alle prime fasi del sequenziamento della regione eucromatica del cromosoma 12 del pomodoro basato sulla strategia BAC-to-BAC, e successivamente, in collaborazione con la Dr. Christiane Gebhardt del MPIPZ di Colonia (Germania) e con il Prof. Dani Zamir della Hebriew University di Gerusalemme (Israele), allo studio delle relazioni sinteniche tra pomodoro ed altre Solanaceae. A questa parte dell'attività di ricerca ha contribuito anche il Dr. Pasquale Termolino. L'elevato livello di conservazione genetica tra le specie Solanaceae consentirà di utilizzare la sequenza di alta qualità del pomodoro come riferimento all'interno di questa importante famiglia di piante, e pertanto faciliterà la ricerca di base ed applicata anche per quelle specie di Solanaceae per le quali non è ancora disponibile la sequenza dell'intero genoma". La Dr. Grandillo del CNR-IGV di Portici è stata coinvolta in questo progetto per la sua lunga esperienza nella genetica molecolare del pomodoro, avendo contribuito, fra gli altri, alla costruzione della mappa genetica ad alta densità del pomodoro basata su marcatori RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) ed al clonaggio del primo QTL (Quantitative Trait Locus)".

La sequenza del genoma e le relative risorse sono liberamente accessibili sui siti http://solgenomics.net e http://mips.helmholtz-muenchen.de/plant/tomato/index.jsp.

L'articolo è liberamente disponibile (http://www.nature.com/nature/journal/v485/n7400/full/nature11119.html)

Il gruppo italiano è stato coordinato da Giovanni Giuliano (ENEA), Luigi Frusciante (Università di Napoli) e Giorgio Valle (Università di Padova) e comprende, oltre agli Istituti del Consiglio Nazionale delle Ricerche, l'Università di Udine, la Scuola S. Anna e due ditte private, BMR Genomics e Ylichron.. Le ricerche italiane sono state finanziate dal Ministero dell'Università e della Ricerca Scientifica e Tecnologica, dal Ministero delle Politiche Agricole, Alimentari e Forestali e dall'Unione Europea.