Sequenziato il genoma di Pseudocercospora cladosporioides, agente della cercosporiosi dell'olivo

Nonostante la sua ampia distribuzione, la cercosporiosi dell'olivo rimane scarsamente ricercata rispetto ad altre malattie fungine dell'oliva, principalmente a causa del suo stile di vita emibiotrofico e di una fase asintomatica insolitamente lunga che può durare più di 18 mesi. La cercosporiosi dell'olivo è causata dal fungo rigorosamente asessuale P. cladosporioides (syn. Cercospora cladosporioides), che appartiene alla famiglia delle Mycosphaerellaceae. Per decenni, la cercosporiosi dell'olivo è stata sottovalutata come una malattia, principalmente perché provoca un'intensa defogliazione di tarda stagione, spesso indistinguibile da quella indotta da Spilocea oleagina.

La specie P. cladosporioides infetta principalmente le foglie, causando la defogliazione sopra menzionata, l'indebolimento degli alberi e le notevoli perdite di produzione. La malattia mostra i suoi sintomi più caratteristici sulla superficie della foglia inferiore, dove si verifica un'intensa colonizzazione grigiastra a causa di una grave sporulazione fungina. Come risultato di questa colonizzazione, la superficie fogliare superiore sviluppa aree clorotiche e margini necrotici. Gli stromati fungini si sviluppano all'interno dei tessuti necrotici e, in condizioni di bagnato, emergono sfondando l'epidermide, producendo masse dei conidi caratteristici. Le lesioni sui frutti variano a seconda della loro fase di maturità e cultivar

Nonostante la sua rilevanza agricola, le risorse genomiche per questo agente patogeno rimangono scarse, in parte a causa delle difficoltà nell'isolare il fungo al di fuori del suo ospite e nell'ottenimento di DNA di alta qualità.

L'Università di Cordoba ha riportato l'assemblaggio e l'annotazione del primo genoma di alta qualità di P. cladosporioides, fornendo preziose intuizioni genomiche per studi futuri sulle interazioni olivo-patogeno. Utilizzando Oxford Nanopore Technologies per il sequenziamento a lunga lettura e Illumina per il sequenziamento a lettura breve, è stato ottenuto un assemblaggio iniziale del genoma per un totale di 53.422.737 bp, comprendente 248 impalcature con un N50 di 509 kb, e una completezza del gene BUSCO del 98,9%.

L'analisi della previsione genica ha identificato 14.429 geni che codificano le proteine, di cui 491 geni sono previsti per codificare gli enzimi attivi con carboidrati. Inoltre, sono stati identificati 27 cluster genici coinvolti nella biosintesi dei metaboliti secondari. Un totale di 434 proteine sono state previste come effettiri che utilizzano una pipeline in silico.

Questa risorsa genomica rappresenta un passo fondamentale verso la comprensione dei meccanismi molecolari alla base delle infezioni da P. cladosporioides e contribuisce a sviluppare strategie efficaci di gestione delle malattie per le colture olivicole.